第１回から第３回大会までは大学の部だけの開催でしたが、第４回大会（昭和４８年・１９７３年）より高校の部を新設し、大学、高校が一同に集う大会がスタートしました。

　今大会の参加校数は、高校の部は10校、大学の部は第40回を記念して北海道、東北でそれぞれ１校の代表校となり11校となりました。

　大学の部は、各大学野球連盟の秋季リーグ戦優勝校、もしくはさらに各地域でのリーグ戦優勝校の中から選ばれた大学が出場します。第36回大会から一部の地域で隔年出場となってた地区連盟同士が代表決定戦を行なって、全ての連盟が出場する道が開かれました。大学野球の全国大会は６月に開催されている全日本大学選手権大会を第一に考えられており、選手権大会（２６校）より少ない出場校数となっています。

　高校の部は、秋季地区大会の優勝校９校と東京都秋季大会の優勝校が出場し（３１回大会より）、名実ともに秋の日本一を決める大会となっています。